宝宝起床后咳嗽的原因有很多，要看具体情况而定，如果是宝宝之前有支气管炎肺炎等呼吸系统疾病，好了后出现晨起咳嗽考虑是疾病恢复期，口服些止咳化痰药对症治疗即可，如果宝宝晨起咳嗽，同时有流清鼻涕，打喷嚏，揉鼻子揉眼睛，湿疹等表现考虑是过敏引起的咳嗽，也可能是哮喘，需要到医院就诊完善相关检查，还有如果室内空气比较干，睡一宿觉也可以出现咳嗽的。