肠道内的感染由细菌和病毒造成，特别是致病性大肠杆菌，是主要的致病菌。如果宝宝有病时不合理地使用抗生素，会造成霉菌对胃肠道的侵犯。上呼吸道的炎症、肺炎、肾炎、中耳炎等胃肠道以外的疾病，可以由于发烧和细菌毒素的吸收而使消化酶分泌减少，肠蠕动增加。不合理地喂养婴幼儿，使宝宝吃得过多，过少或过早、过多吃淀粉类、脂肪类食物，突然改变食物，突然断奶等，都能引起宝宝拉肚子。