儿童慢性结肠炎最常见的临床症状是黏液便及脓血便，轻者每天3～4次，重者数十次，呈血水样。轻度病人无腹痛或仅有腹部不适。一般有轻度至中度腹痛，系左下腹或下腹阵痛，涉及全腹痛，排便后缓解的规律。还可能有贫血、发热、腹胀、消瘦、乏力、肠鸣、失眠、多梦、怕冷等症状。