生化妊娠流产的原因，首先是胚胎染色体异常，是生化妊娠流产最常见的原因。除遗传因素外，感染、药物等因素也可引起胚胎染色体异常。其次是母体全身性疾病，比如感染、发热、生殖器官异常、黄体功能不全、心理过于紧张等不良刺激等都可以导致流产。再次是父亲精子染色体异常。最后是环境中过多接触甲醛、放射线等。