基因芯片的可以对病原微生物感染的诊断，通过基因筛查可以知道人被哪种病原微生物所感染，接触毒化物质人群恶性肿瘤的筛查，对于人得了恶性肿瘤具有很好的诊断作用，产前遗传性疾病的筛查，有利于优生优育，可以鉴别的疾病达到数百种。对于心血管疾病、神经系统疾病、内分泌系统疾病、免疫性疾病、代谢性疾病等，对于高血压、糖尿病等有家族史的人进行筛查。