怀孕三个月肚子痛可能是存在着有先兆流产的可能，如果是食用了不卫生的饮食，也可能会出现有胃肠道不适，会出现肚子痛的，如果女性患有卵巢囊肿蒂扭转或者是阑尾炎的情况，也会出现有肚子痛的，所以女性如果怀孕三个月肚子疼，应该尽早去医院复查，做妇科B超，明确肚子疼的部位和原因，以便采取有效的治疗措施。