绒毛穿刺和羊水穿刺的主要区别是穿刺的具体时间及穿刺的组织不同，绒毛穿刺最常见在11-14周完成，而羊水穿刺一般在孕18-23周进行，绒毛穿刺比羊水穿刺的伤害更大一些，更容易引起流产等情况。但是都是为了通过早期采取胎儿的组织进行基因及染色体的检测，能够早期诊断一些遗传病及染色体异常等疾病，便于早期治疗和及时地终止妊娠。