怀孕三个月出现肚子痛，如果是隐隐作痛，属于正常生理现象。因为怀孕后子宫增大，固定子宫的韧带受到牵拉，就容易出现轻微的疼痛，有时候可以表现为腹痛或腰痛。但如果肚子痛的同时，伴有阴道分泌物异常，比如出现褐色分泌物或轻微的阴道流血，就需要警惕是否发生了先兆流产。建议及时去医院做血绒毛膜促性腺激素和孕酮数值的检查以及B超检查，查出原因后给予相应的处理。