胚胎停育的原因很多，包括染色体异常、免疫因素、内分泌因素、解剖因素，感染因素、环境因素等。多数是本身胚胎质量不好，染色体有问题，大自然优胜劣汰的结果；其他母体身体因素如内分泌不好、子宫畸形、子宫较大肌瘤等，此外环境因素、孕前或者孕期接触大量放射性和化学物质，感染细菌、病毒、原虫等也可以导致胚胎停育。