大便的气味是由肠道细菌分解的产物，其中产生臭味的主要是吲哚和粪臭素。食物在胃和小肠内消化主要是各种消化酶的作用。在结肠内主要是细菌起消化作用。大便酸臭主要是由于进食高蛋白、高营养食物较多，进食过于复杂或者暴饮暴食，超过了胃、小肠和结肠的消化能力，或者本身消化功能弱，部分食物没有被消化，在胃肠道内腐化变质，并在结肠细菌分解下产生出难闻的气味。