导致孩子畸形的原因主要有两种，一种是先天性遗传基因，另一种是后天获得。先天性遗传基因，主要是指父母遗传方面造成的，主要是由于父母的染色体异常导致基因突变引起来的畸形。另一种是在受精卵形成之后，由于母体接受一些化学药物或者是农药，也有可能是平时日常生活和饮食习惯导致的基因突变，引起胎儿的畸形。