三个月宝宝可以吃益生菌，宝宝自身的肠道有建立正常菌群的机能，所以在没有消化系统不良表现时，一般不主张常规性的口服益生菌，因为长期补充，机体自身的调整功能，一旦停止药物，就会出现菌群失调，导致消化不良，腹泻等症状。所以说不要剥夺机体肠道工作的权利，而要让机体自身运作，处于正常的微环境状态。