尚未完全明白，通常被认为与病毒感染有关。证据是：患有既往疾病的患者往往有上呼吸道感染史，发病率往往随季节而变化，并且有一定的患病率。患者血液中有病毒抗体，最常见的是柯萨奇病毒抗体，其次是腺病毒抗体，流感病毒抗体，腮腺炎病毒抗体。虽然亚急性甲状腺炎患者已从甲状腺组织中分离出腮腺炎病毒，但亚急性甲状腺炎的病因尚未发现该病毒的证据。