亚急性甲状腺炎以消炎止痛为目的，常使用非甾体消炎止痛药。若应用这类药物止痛无效，可在短时间内应用激素镇痛。
少数亚甲炎患者可伴有严重高代谢症状、心悸、怕热等，其表现非常明显，对这部分病人可在短期内应用β-受体阻断药控制上述高代谢症状。有些亚甲炎病人可并发甲减严重，病人可出现畏寒、乏力等变化，对这部分病人可短期用小剂量左甲状腺素钠片代替治疗，但不必长期服药。
亚急性甲状腺炎预后良好，病人不必有过多心理负担。