在甲状腺肿瘤的药物治疗上，通常是在做完外科手术之后，用激素代替来补充甲状腺激素。
如果是一侧的甲状腺肿瘤，或是比较小型的，只需做一个副全或局部的手术即可。甲状腺肿瘤的病人并没有相应的甲状腺激素分泌功能方面的问题，因此，在术后可以不用任何的药物来进行治疗。而单纯依靠药物来治愈甲状腺肿瘤并不能达到根除甲状腺瘤的效果。通常甲状腺肿瘤伴有甲亢，或其他炎症的甲状腺的病变，也可能是甲状腺激素增高所致的甲状腺肿块，可以服用甲状腺激素、某些抑制的甲状腺激素等药物进行辅助。因此对于甲状腺肿瘤来说，最好的方法就是外科，而药物只能起到一定的辅助作用。