甲减患者泌尿系统会出现肾血流量降低，肾小球基底膜增厚，同时出现少量蛋白尿，水利尿实验差，可的松药物不能纠正水利尿作用而能被甲状腺激素纠正。
甲减患者肾脏排泄功能受损，导致组织水潴留，钠离子交换增加，出现低血钠。血清镁离子升高，尿中镁离子排出率降低。血清钙、磷正常，尿钙排泄能力下降，尿便排泄正常。血液系统中，长期甲减会导致红细胞生成减少，胃酸缺乏会导致正常色素或低色素小红细胞性贫血，少数出现大红细胞性恶性贫血，血沉可能会加快，并且由于某些因素的缺乏会导致出血的症状。