妊娠期临床甲减可增加妊娠不良结局发生的机会，并可对胎儿神经智力发育产生不利影响。
妊娠不良结局有早产，低体重儿，流产。妊娠期临床甲减流产风险将上升60%以上，妊娠期高血压风险上升30%以上，临床甲减孕妇死胎风险将上升。未处理临床甲减孕妇胎儿死亡、流产、循环系统畸形和低体重儿发生率可明显增加。临床甲减患者在妊娠期得到有效治疗后，可极大地减少以上情况发生。
临床甲减的孕妇在打算怀孕时需经过正规的左旋甲状腺激素替代治疗才能使甲状腺激素的含量恢复到正常水平。