绝大多数甲状腺功能减退症患者需终身应用甲状腺激素替代治疗。
对于甲状腺肿大和结节等症状明显的患者来说，选择合适的药物进行长期服用可以有效缓解病情，但是对部分甲亢严重患者而言，即使是短期应用也会带来一些不良反应。患有甲状腺功能减退，第一件事，就是要清楚甲减发生原因，为原发性甲减，或垂体功能减退继发甲减，在处理方法上存在着一些差异。对于甲状腺癌引起的甲状腺机能低下，可以先服用一些促红细胞生成素和生长激素等药物，然后再考虑补碘的问题。如甲状腺本身疾病所致甲状腺功能减退，甲状腺激素的补充，要从小剂量抓起，逐步根据甲状腺功能结果进行剂量调节。如果是内分泌肿瘤或者甲状腺癌引起的甲减，则应考虑到患者是否存在着其严重影响预后的因素。若为垂体功能减退所致甲状腺功能减退，一边补充甲状腺激素，肾上腺激素也是必需的。
另外，对于甲状腺癌患者来说，也要从小剂量开始，慢慢地增加到较大剂量，直到达到治疗目标为止。若为甲状腺手术所致甲状腺功能减退，甲状腺激素的补充要从高剂量入手。