亚急性甲状腺炎在极少数的情况下会出现反复发作，不过几率很小。
大多数亚急性甲状腺炎都会痊愈，只有极少数的亚急性甲状腺炎会出现复发。对于亚急性甲状腺炎的复发，可以通过口服非甾体类的消炎止痛药物或者是激素进行治疗。亚甲炎是一种由病毒引起的疾病，其病程有限，预后良好，一般不会出现甲状腺功能减退症，主要表现为颈前区的疼痛。