肥胖患者术后出现的后遗症有很多，比如大出血，吻合口狭窄，肠梗阻等。
所有的手术都会有合并症，因此，无论是对于外科医师还是病人来说，都会引起很大的重视。出血、吻合口漏等是短期的并发症，还有一些患者会出现创面的炎症和肺部的炎症。目前，由于胃囊切除和胃部的手术，长期的合并症是很少见的。而胃食管逆流是胃囊肿手术中最常见的一种合并症。另外，由于手术中的营养吸收不足，会造成严重的贫血。