甲状腺炎是否能根治，与病因有关。
甲状腺炎可能是自体免疫异常、病毒感染、细菌感染、真菌感染、慢性硬化、放射损伤、肉芽肿、许多病因如药物及创伤均与甲状腺炎发生有关，葡萄球菌，链球菌、细菌感染如肺炎球菌可导致急性甲状腺炎，与甲状腺有关的某些病毒，如柯萨奇病毒等、腮腺炎病毒，流感病毒，腺病毒等。另外还有一种就是由某些基因缺陷而引发的亚甲炎。这些均可视为亚甲炎病因，还可在某些非病毒感染后出现，若由该病原菌所导致的甲状腺炎，很可能会得到积极的治疗，就能够存在治愈的可能性，但若具有遗传性或自身免疫等甲状腺疾病因素，可能治愈几率较小。