甲状旁腺功能减退症主要由颈前外科、遗传因素、自身免疫性疾病、浸润性性病变等引起。
甲状旁腺功能减退症约75%的病因是颈前手术，是最常见的原因。术中出血，神经损伤或甲状旁腺功能受损，均可导致甲状旁腺功能减退。甲状旁腺发育不良及甲状旁腺激素分泌不足可能与遗传有关，遗传因素可能会导致甲状腺疾病。自身免疫性内分泌腺体疾病导致甲状旁腺激素分泌不足。甲状旁腺由于肿瘤转移、电离辐射等原因而受损，从而导致机体无法分泌足够量的甲状旁腺激素。