甲状腺炎的病因分为两大类，一是因为感染，二是因为本身的免疫失调，导致的病因各有差异。
比如，急性化脓性甲状腺炎就是由细菌引起的，不过，因为它的解剖构造，所以并不是很普遍。亚急性甲状腺炎主要是由于病毒等原因引起的。桥本甲状腺炎会出现与本身的免疫功能失调等有关的因素有关，患者需要在明确病因后，积极对症治疗。