甲状腺肿瘤术后可能会出现一些不良反应，首先是因为手术时嗓子沙，导致喉返神经受损。肿瘤的生长位置和手术操作技巧有关。
还可能会造成低血钙症，也就是所谓的副甲状腺机能低下。甲状腺肿瘤的发生是由于甲状腺肿瘤的侵袭，或是由于局部的血液供应发生变化，从而造成甲状旁腺的功能受损，从而出现手足麻木、抽筋等症状。如果是由于甲状腺肿瘤导致了甲状腺机能亢进，需要尽早进行外科切除。