亚甲减是否会自己痊愈，需要根据类型进行判断。
一类多见于妊娠期间，产后，可自行修复。另一种则是因慢性炎症造成甲状腺功能低下，如慢性肾炎、糖尿病等引起的甲状腺机能亢进。一是出现了亚急性或者急性甲状腺炎的，甲状腺滤泡有短时损害，甲亢发生较早，继而发生甲减或次临床甲减，之后可自行康复。这种现象通常被称为甲状腺失代偿性肥大，也称慢性甲减症。也有自身免疫性疾病的，如桥本甲状腺炎，萎缩性甲状腺炎等，因机体免疫反应过度引起的甲状腺异常攻击而发生损害。