甲状腺内回声不均匀一般是甲状腺疾病导致的，如甲状腺结节、甲状腺功能亢进症、甲状腺炎、甲状腺肿瘤等。
一般甲状腺组织排布非常均匀，当甲状腺功能异常并发生病变时，甲状腺实质的密度不一致，就会反映不均匀的回声。也就是甲状腺组织可能有大小不同的结节、囊肿。
甲状腺结节、甲状腺功能亢进症、甲状腺炎及甲状腺肿瘤等，都是甲状腺功能异常的疾病，均可发生甲状腺内回声不均匀。