胚胎染色体异常是夫妻双方其中一方如果有染色体异常，那么形成的精子和卵子会有染色体异常，这样孕囊就有遗传了这种染色体异常。夫妻双方染色体正常的，如果发生了胚胎染色体异常，往往考虑胚胎在早孕期分裂过程中，造成了染色体的重复或缺失。