孕酮低的原因是胎儿发育异常。孕酮是由卵巢黄体分泌的一种天然孕激素，孕酮在正常范围可以维持正常妊娠，如果怀孕3个月内做B超发现胎芽胎心发育正常，孕酮低可适当补充黄体酮或者暂时观察；如果胎儿发育异常，单纯补充黄体酮对发育异常胎儿无治疗效果，临床上需要结合B超和其他检查来综合评估胎儿发育状况。