重复经颅磁刺激治疗的适用范围有睡眠障碍，失眠多与情绪有关，如入睡困难常与焦虑有关，早醒与抑郁有关，rTMS可在改善情绪的同时改善睡眠。抑郁障碍，通过高频刺激使大脑皮质兴奋性增加，从而改善抑郁症状。焦虑障碍，低频刺激抑制局部神经元活动使皮质的兴奋性下降，改善各种广泛性焦虑、强迫症、社交焦虑症、惊恐障碍等症状。