多系统萎缩晚期症状即小脑症状，锥体外系症状，自主神经症状，其中89%出现帕金森综合征，78%出现自主神经功能衰竭，50%出现小脑性共济失调，最常见的组合为帕金森综合征并自主神经功能衰竭，或小脑性共济失调并自主神经功能衰竭。此外，相当部分可有锥体束征，脑干损害(眼外肌瘫痪)，认知功能障碍等。