三叉神经痛的疼痛部位主要在头面部。三叉神经包括三个主要的分支是眼支、上颌支、下颌支。当眼支出现三叉神经痛的时候，疼痛的部位主要在额部和眼部周围；当上颌支出现三叉神经痛的时候，主要出现在鼻翼、上唇、颧部以及上牙槽神经，包括门牙、门齿附近的侧切牙，都是疼痛的部位。当下颌支出现问题的时候，下牙槽、颊部甚至舌部出现剧烈疼痛。