较小的蛛网膜囊肿无需特殊治疗，只要定期复查观察囊肿的变化情况；如果囊肿有增大趋势或对周围脑组织构成压迫出现神经系统症状时则需手术治疗。手术可选择囊肿-腹腔分流术，但容易出现分流管梗阻、感染、终身带管等并发症。也可在内镜下微创手术行囊肿-脑池造瘘，后者损伤小，恢复快，费用低，且无需终身带管。随着内镜设备及技术的不断进步，后者已被越来越多的接受了。