阴茎上长痘痘可能是生殖器疱疹、尖锐湿疣等原因导致的，不同原因可采取不同的治疗方式。
1.生殖器疱疹：生殖器疱疹一般是由单纯疱疹病毒感染肛门生殖器皮肤黏膜所致慢性复发性的性传播疾病，患者的生殖器常会出现水疱、溃疡等情况，患者如果患上了此疾病，阴茎上不仅会长有痘痘，还可能会伴随出现瘙痒、烧灼感等不适。患者可以按照医嘱使用阿昔洛韦分散片、盐酸伐昔洛韦片、泛昔洛韦片等药物进行治疗。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，以疣状增生为特点的性传播疾病，患者在患病初期生殖器周围通常长有单个或者多个散在的淡红色小丘疹，患者可能被人乳头瘤病毒感染，进而导致阴茎上长有淡红色小痘痘，还可能会伴随出现灼痛、刺痒等不适。患者可以按照医嘱使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗。