阴茎根部和阴囊上有白色痘痘可能是珍珠状阴茎丘疹、尖锐湿疣等原因导致的，不同原因可采取不同的治疗方式。
1.珍珠状阴茎丘疹：珍珠状阴茎丘疹是一种发生在阴茎冠状沟水平的良性组织增生性皮肤病，患者的阴茎冠状边缘、冠状沟等部位常会长有白色、黄色或者红色丘疹，呈珍珠状，表面光滑，互相不融合。患者可能因为频繁手淫、包皮过长等，进而导致阴茎根部和阴囊上长有白色痘痘。患者可以按照医嘱使用氟尿嘧啶乳膏、莫匹罗星软膏、复方醋酸地塞米松乳膏等药物进行治疗。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的一种性传播疾病，好发于龟头、阴茎、阴囊、阴道口、阴蒂、阴道等部位，患者在患病初期，生殖器周围可能会长有小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，疣体可能呈白色、粉红色、污灰色等，如果患者被人乳头瘤病毒感染，在阴茎根部和阴囊上可能会长有白色痘痘。建议患者按照医嘱使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗。