不存在扁平疣的最佳治疗方法，较好的治疗方式是冷冻治疗、药物治疗等。
1、冷冻治疗：扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，冷冻治疗是利用液氮将局部组织快速冷冻起来，破坏组织细胞，使皮损部位坏死或是脱落，直至疣体去除。价格为1000-3000元/疗程，恢复期为1个月左右，恢复后可以化妆和护肤，具体价格受到地域消费水平、医院级别等因素的影响。
2、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物来治疗，这些药物可以抑制培养的正常人皮肤角质形成细胞，避免病情发展。