胃蛋白酶原Ⅱ偏高说明有胃病，而且是一种比较严重的萎缩性胃炎，在临床上它的癌变发生率达到1%-3%。所以对慢性萎缩性胃炎的患者要积极治疗，预防癌变发生。胃蛋白酶原Ⅱ是存在于胃体、胃底黏膜之外的脏器产生的。当胃体、胃底出现病变以后，代偿性的会出现腺体的变异，这种变异的腺体可以产生过多的胃蛋白酶原Ⅱ，从而通过测定胃蛋白酶原判断胃体、胃底以及胃黏膜的病变情况。