史克肠虫清副作用为少数患者服用后会有恶心，呕吐，腹泻等肠道症状。对部分患者会有过敏反应症状，可导致皮肤出现皮疹症状，同时可伴有口干，乏力，头痛，浑身不适等全身症状。妊娠早期服用可导致婴儿畸形和胚胎毒性的作用。对肝，肾有一定的损伤。