新生儿排便困难有一定的原因，主要是由于肠道菌群失调症、先天性巨结肠等疾病引起的。因为新生儿的体质相对来说是很脆弱的，所以父母最好是先带着新生儿到医院检查一下，如果是因为某种疾病引起的，可以在确诊后进行相应的治疗。
1、消化不良：由于新生儿的身体机能还没有完全成熟，而且由于哺乳中含有过多的养分，会使这些养分无法被充分的吸收，从而引起肠胃里的粪便和粪便，从而引起大便不畅，这时可以适当的降低喂奶量，或者多喝一些水，这样就可以减轻这种症状。
2、肠道菌群失衡：在哺乳过程中，由于受到微生物等因素的影响，在哺乳过程中，微生物会通过口腔侵入肠道，然后快速增殖，最终破坏肠道菌群稳态，最终引起肠道菌群失衡。病情严重者会有排便困难，腹部疼痛等症状。出现排便困难症状时，建议在医生指导下服用乳酸菌素片、乳酸菌素颗粒、枯草杆菌二联活菌颗粒、乳酶生片等药物。
3、先天性巨结肠：由于怀孕期间易感因素的影响，造成了新生儿的生长不正常，在出生后就会产生巨结肠，主要有排便困难、腹胀、呕吐等。因为新生儿年龄不大，所以建议在医生的指导下使用开塞露等有利于排便的药物，如果病情太过严重，可以做结肠造口手术。
孕妇平时要多喝水，平时要吃一些清淡的食物，才不会对新生儿的哺乳造成影响。如果有上述表现，一定要在医生的指导下用药，以免产生副作用。