宝宝发烧灌肠对宝宝的损害，首先是对直肠内的微环境的影响，直肠内有其固定的生理环境，长期或多次使用药物灌肠，会引起直肠粘膜、直肠的酸碱度，以及直肠壁的分泌吸收功能和生理环境的变化，从而损伤肠道。
其次，肠子里有大量的微生物，这些微生物很有可能会顺着液体深入到肠子里，对肠子里的微生物产生影响，导致肠子里的有益微生物被破坏，从而导致肠子里的微生物发生紊乱，从而导致肠子里的微生物发生二次感染，最终导致腹泻。
宝宝发烧灌肠有很多的不良反应，因此在给宝宝发烧灌肠的时候，要对宝宝的身体情况进行全面的检查，看看宝宝的身体情况是否能够耐受。