三岁宝宝牙齿发黄可能是因为不良习惯引起的，还可能是因为牙釉质发育不完全和氟斑牙引起的，如果父母不能自己分辨，建议及时带宝宝到宝宝口腔科检查，以确定具体情况。
1、不良习惯：若宝宝日常生活时没有注意口腔之卫生，就会造成食物残渣积存于牙齿内，产生软垢甚至牙结石等，经过氧化就会让宝宝牙齿呈现黄化现象。有必要让宝宝养成刷牙的好习惯，每天早、中、晚坚持刷牙通常都可以让牙齿回复到原来的色泽；
2、牙釉质发育不完全：牙釉质不完全可能是由于宝宝严重缺钙所致，钙缺乏会影响牙釉质，以致形成期牙釉质基质受阻，呈黄棕色，且质地较脆，严重者可使牙齿表面凹陷。这种情况下可对宝宝进行适当的钙元素补充，可根据医嘱给予碳酸钙D3颗粒和葡萄糖酸钙使用溶液进行治疗；
3、氟斑牙：宝宝若平时食入过多氟会引起宝宝氟斑牙现象，致使宝宝牙齿矿化异常，致使牙齿呈现黄褐色或黑褐色斑块，造成3岁宝宝牙齿发黄的情况发生，严重者可使牙齿发生整体变色。可选择到医院进行检查，并根据医生指导选用脱色法进行处理，让牙齿回复到原来的色泽。