对于脑裂畸形，治疗方法主要有手术、药物和康复三种方法。对于蛛网膜囊肿、癫痫病灶等疾病需要进行手术治疗，同时需要进行药物治疗，同时需要进行康复治疗，避免出现肌肉萎缩的情况。
一、医药学
在治疗癫痫的时候，可以选择苯巴比妥、苯妥英钠、乙琥胺、丙戊酸钠、地西泮等，大发作的时候可以选择苯巴比妥、苯妥英钠，小发作的时候可以选择乙琥胺、丙戊酸钠等，而地西泮则是针对癫痫持续状态的。
二、外科治疗
1、癫痫病灶切除术：在保持神经功能的前提下，对癫痫病灶进行切除。
2、蛛网膜囊肿剥脱手术：因为颅骨裂开畸形可以在侧裂处形成，之后就会形成蛛网膜囊肿，出现精神迟钝或颤动时就需要做蛛网膜囊肿剥脱手术了。
三、其疗法
复健：由于儿童脑裂可能会出现行动障碍，因此必须对其实施物理、推拿、诱发、训练、督导复健。