婴儿的喉咙有疱疹有可能是由于手足口病、疱疹性咽峡炎等引起的，根据不同的原因，需要采取不同的处理方法。
1.手足口病：手足口病的临床表现为发热、咳嗽、口腔长疱疹等，因此，如果婴儿喉咙上出现水泡，很有可能就是手足口病引起的，家长可以在医生的指导下，给予婴儿利巴韦林颗粒和抗病毒口服液等药物，并尽量不要让婴儿吃辛辣、大蒜等辛辣的食品，以免加重婴儿的病情。
2.疱疹性咽峡炎：水疱性咽峡炎的临床表现为发热、咽痛、咽长疱疹，因此，如果婴儿的喉咙上出现水疱，很有可能就是水疱性咽峡炎引起的，家长应该遵照医生的嘱咐，给予婴儿服用泛昔洛韦颗粒、蒲地蓝消炎口服液等，并且在婴儿出门时，要让婴儿带好口罩，避免交叉感染。