肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘病人应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能彻底治疗肛瘘。