病毒性脑炎的病程通常为2周左右，多数病例可完全康复，只有少数癫痫、视力、听力障碍、肢体麻痹和不同程度的智力低下后遗症。而这些后遗症大多是单纯疱疹病毒引起的病毒性脑炎遗留下来的，其他病毒引起的后遗症很少。主要对症治疗、支持治疗及并发症的防治。本病不难治疗，主要采用抗病毒药物，解热、解痉、减轻脑水肿。