有些患者会比较疑惑，自己采取了治疗，为什么肛瘘反复发作了？可能是治疗不规范、不良因素等因素所导致。
如果肠腔中有粪便，肠液及气体不断流入瘘管刺激管壁使其结缔组织增生增厚而不易封闭管腔。并且，采取治疗时，尽管脓肿破溃或切开引流仍有肛窦炎或肛腺感染的原发感染源，肠腔内容物能由内口不断流入瘘管。
此外，如果肛门得不到休息，脓腔不容易黏附，大便，小便时，因括约肌萎缩或炎症对肛门括约肌的刺激作用，肛门括约肌常发生痉挛。
在了解为什么肛瘘反复发作后，患者治疗时应选择技术较好的公立医院，得到较好的治疗。患者在采取治疗后要注意日常护理，尽量并没肛瘘反复发作。