男孩16岁脸上长痘痘可能是不良饮食习惯、内分泌因素、痤疮丙酸杆菌感染等造成的，要通过合适方式进行改善。
1、不良饮食习惯：平时在饮食上经常喜欢吃一些辣椒、火锅、烧烤等刺激性的食物，上火之后会伴随脸上长痘。需要通过调整饮食进行改善，可以选择吃一些清淡食物，比如苹果、香蕉、青菜等。
2、内分泌因素：脸上长痘与内分泌因素有一定的关系，尤其是在16岁的时候，身体当中激素水平会升高，会伴随局部长青春痘。可以通过针清祛痘的方式进行改善，主要是利用无菌针将局部的痘痘挑破，改变局部长痘现象。
3、痤疮丙酸杆菌感染：平时不注意皮肤卫生，受到了痤疮丙酸杆菌感染之后也会导致局部长痘，可以遵医嘱合理使用外用药物进行治疗，比如阿达帕林凝胶、红霉素软膏、莫匹罗星软膏等。