扁平疣病毒可以通过外用药物、口服药物、点阵激光等方法进行治疗。
1、外用药物：如果感染扁平疣，一般可以外用抗病毒药物治疗，比如干扰素凝胶、维a酸乳膏等，能够起到抗病毒的作用，并且还有助于消除扁平疣。
2、口服药物：如果病毒感染的情况较为严重，还可以通过口服抗病毒药物的方法治疗，比如阿昔洛韦片以及泛昔洛韦片等。
3、点阵激光：炎症激光一般就是利用激光产生的高能量作用于扁平疣的部位，可刺激机体释放细胞因子，还可以产生抗病毒抗体和清除表皮上片平疣，从而能够达到较好的治疗效果，还可以降低复发几率。