脑炎后遗症前期有发热、头痛、肌痛、呕吐、腹泻等症状。伴随脑炎后遗症症状在脑炎发病之前或同时伴有相应病毒感染的症状。脑炎后遗症主要表现为神经精神方面的异常。神经异常的表现多有发热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷、惊厥等，重者则大脑、丘脑下部、底节、脑干、小脑和脊髓的症状都可能有异常表现。精神异常表现为兴奋多语、烦躁、哭笑无常、失眠、行为异常。