菌痢发病较轻时，只有轻度腹泻，大便带有少量脓血。发病严重时，可突然高烧，一般在3840℃左右，并有腹痛、呕吐、腹泻，腹痛部位大多在脐周，一天之内腹泻次数530次不等，大便最先质稀或呈水样，以后粪便量少，并有脓血和粘液。幼儿常因腹痛而多哭多吵。一岁以内的小儿，有时可无明显的痢疾样大便，而粪便始终是稀水样，少数幼儿未出现腹泻而表现高热油痉、面包青灰、嗜睡、昏迷、脉搏细弱、四肢厥冷等中毒症状。