百日咳综合症的临床表现就与百日咳是一样的，一般会有初期的上感症状，比如流涕，流眼泪，发烧，轻微咳嗽，随后逐渐咳嗽逐渐加重，在2个周左右出现痉挛性连声咳嗽，以夜间为主，病史较长的咳嗽会导致声带水肿，出现鸡鸣样的尾音，小婴儿有时还会出现口唇青紫甚至窒息。